主教制（Episcopacy）基督教教会体制的一种。主教一词原意为监督和巡视者。以主教为主体管理教会。约2世纪上半叶开始形成，后逐渐完备。实行主教制的教会主要有天主教、东正教及东部其他较小古老公教会、新教的圣公会、北欧路德宗公教会等。他们根据《新约》和古代教会传统文献关于监督、长老和执事的记述，认为此三者是自古以来教会管理体制中最根本的三级圣品（即神品）职位。天主教、东正教在三者之下还设立一些较低的神品，建立以主教为首的教阶管理制度。主教为教区首脑，主管教区内一切教务和行政。司铎（司祭或会长）由主教派立授权，协助主教管理教会，施行圣事，执行主教所委派的指定职司。助祭（六品会吏）一般亦由主教派立，常为司铎的助手，多为过渡性职务，可晋升司铎。此外，新教中的有些非公教权会，如卫斯理宗和路德宗等教会，亦使用主教、监督或会督称谓，只是并未称主教制。
起源
主教制( Episcopacy)，作为新教教会重要的教制（Ecclesiastical polity or church govemance），具有古老的根源。即在《圣经》新约时期的教会和教父时期，主教作为三级圣统（threefold ministerial office）教阶圣秩之首，负有极大的牧养责任和法律责任。
从学者们的考据来看，新约经文中有三个词关系到早期教会的主教职衔。“监督”( Episkopeo)，而“牧人监督”特指耶稣基督（彼前2:25）；“监督的职分”（episcope，提前3:1）；和四次提及教会的权威责任（徒20:28；腓I:I；提前3:2；多1:5，7；彼前5：1-3）。祭司性的主教在当时各地教会行使着领袖圣工。也就是说，从第二世纪开始，即圣彼得之后的三位教宗，即，Linus，Anacletus和Clement( ca．64-97)，一般被视为最早的祭司性主教（presbyter-bishops），而非君主式的主教(“monarchical”160论新教教会的基本结构bishops)。
真正在古公教会作为教会主教的是安提阿的圣伊那爵(St．Ignatius of Antioch ca. 35 -ca．105)，即开始了三级圣职职分(threefold ministerial office of bishops，presbyters and deacons)。而主教则作为首位牧长，以主持诸般圣礼和决定信仰理解之权威来维系着教会在教义和精神上的统一和纯正。
里昂的爱任纽主教( St. Irenaeu8 0f Lyons)，面对着来自诺斯替(Gnosticism)异端的危机第一位确立主教之使徒传承和权威(Apostolic tradition)。这在当时对于维护古公教会信仰和教义之纯正和教会之稳固具有非常重要的意义。从此，一直到今天，从罗马天主教系统来看，源自使徒的主教权柄，一直是教义和教规的权威，也是代表着源自使徒和基督的精神主线。因此，在关于主教的教义上，主教就是耶稣基督在世上的代表（vicars and legates of Jesus Christ），也是使徒们的继承者。此乃所谓使徒统绪教义（Apostolic Successor）。此外，经过主教亲自选立并主待按手祝圣礼也是历史主教的一个组成程序。1962-1965年，罗马公教会历史性会议的“梵二公会议”所通过的文献中再次规定主教祝圣对于教会之至关重要性。如神学界之分析：“在‘梵二公会议’之前，主教祝圣职分是否具有圣礼性（即，圣礼的组成部分）还是一个有争议的问题，或者，换言之是否是一个对祭司职分的司法补充。梵二公会议文献《教会宪章》( Lumen, gentium)对前者加以确认，声称‘在祝圣主教时授予圣秩圣事的圆满性，这在教会的礼仪习惯中并按教父的说法，称为最高的司祭职、神圣职务的定点。祝圣主教时，连同圣化的职务，也授予训导及管理的职务，不过，这些职务，按其本质，只有在与主教团体的首领及成员有系统的共融下才能运用。’”
在教义学史上，主教制的教制形态大致就是以古公教会的三级圣职教制为基础，主教领衔负责教会教义和教纪之权威的体制，其中，关于使徒统绪性和其他界定，也是为了确认主教在教会和信仰系统中的首席性和权威性。古公教会、东正教和罗马公教会虽然有极多名称的教会名衔和职务，但是，三级圣职一直是其最基本的框架，如罗马教宗纵然有再多的名衔，但是，他首先是罗马主教，因为他承袭了使徒彼得的首席权。教宗、各类枢机和大主教、大修院院长等，仅为教会政体中的不同职位，而非圣职职分。主教、司铎和执事，从古公教会以来，至今仍然作为主教制罗马公教会的教制框架。哈那克确认，“涉及到教会本质的认识，圣奥古斯丁的定义基本上被传承了下来，即，教会是信徒们的团契，或者蒙神拣选者们的团契。这个理念也支撑着古公会教会圣统制的创设，即，教宗，作为圣彼得的接班人，和普世主教，整个大公教会的权柄都集于其身。”
改教时期，只有英国圣公会保留了主教制政体，但是，首席权不再是罗马，而是英国国王。从此，英国圣公会作为新教教会主教制模式一直继承下来．成为新教教会一大教制构成。而路德改教的时候，北欧国王决定本国全体国民从公教会改为信义宗，这样，全体主教等圣职人员也一律过渡成为主教制的信义宗。几个世纪以来德国本土诸侯其实一直行使的是主教的属世权柄，一直到1918年，德国帝制结束，这样，德国信义宗才恢复各教区的主教名衔，但是完全有别于圣公宗主教权柄和罗马公教会主教权柄。在美国的圣公宗以主教制教会为名行使独立于英国圣公宗首脑坎特伯雷大主教教席。后来，在宣教事工中从圣公会分离出来的卫理公会，实施的也是教区选举式主教制，与德国信义宗相似。在西方以外的国家里，传教运动将新教教会系统的主教制也传到世界各地。此外，匈牙利归正宗也采纳主教制。但是，几乎所有的新教教会的主教都是以教务会议(synodical structure)为其行政结构和权力基础。这又是源自
加尔文主义的教会政体和权力设置。可以说，在过去这五百多年来，新教教会的主教制也随着西方世界的文明进程，在教会行政权威的制约机制上，更多地民主议事和法治化，而趋于主教之神学、教义和教会统一性之权威和象征作用。
西普里安宗教思想及实践对主教制发展的影响
在基督教早期，一个地区的教众处于一位或几位长老的领导之下，后来最富有权威的长老就演变为这个地区的主教，该词源于希腊语episkopos，意为“监督”。主教与其下属的长老、执事三个等级，构成了一种三级制度，称之为教会的教权化。在西普里安的影响下，主教制在3 世纪也出现了一些新的变化，达到臻于完善的地步。
西普里安把救恩论和教会实践紧密结合在一起，为了解决与罗马主教关于“异端施洗之争”的问题，西普里安曾在迦太基召集主教会议，探讨解决争端的途径。在西普里安的模式以及迦太基会议的宣告中，如果没有主教的许可，任何人想要使别人恢复与教会的团契，都是触犯主教的行为，告解者在主教之外不能采取任何行动。这对确立主教的职权、树立主教的权威来说是一场胜利，为了完善这种教会行政体制，还需要建立一系列辅助性机构。迦太基会议所体现的是“主教会议”的早期雏形，自3 世纪初，一个行省的主教们为了讨论重要的事务开始聚集召开主教会议。后世为了解决各种神学问题，形成了召开主教会议的传统，如不久之后的尼西亚公会议( 325年) 。如果在当时不力主树立主教的权威，或没有凭借主教召集的官方会议来解决争端，
基督教会极有可能变得信仰混乱，也无法有效应对帝国官方的打击与逼迫。在3 世纪晚期，基督教在罗马帝国由起初的一个地下组织，发展为一个阶级化、有组织结构的宗教，一个重要的发展因素就是以主教为中心的阶层组织架构成形，而这一点在很大程度上得益于西普里安的教会合一思想。
历史事件
主教叙任权之争
主教叙任权（Investiture），授予天主教主教在封地上的职权的权力，源自拉丁文investiture，原指中世纪初期西欧封建主对其附庸授予以领地的权力。
天主教会仿用于叙任主教和修道院长一类高级神职。通常以指环和权杖，象征在封地上有宗教权力；世俗政权同时对之授以权标，象征在封地上拥有世俗权力。
11世纪中至12世纪初，罗马教皇与神圣罗马帝国皇帝为任命和封立主教之权力而引起的争执。中世纪西欧各国主教与封建领主皆为神圣罗马帝国皇帝的附庸，各地主教也有皇帝叙位，在接受时还行叙任礼。皇帝和世俗政权借此对教会实行控制，教会领主有时也以自己的实力对抗教皇，有时则借用教皇势力而同世俗领主抗衡。11世纪始，教皇重视对德意志教会的控制权，主张教会不应受自国君，皇帝也无权插手主教的遴选与叙任。教皇尼古拉二世曾力图使德意志教会从世俗政权控制下解脱出来，继任的亚历山大二世则公开反对世俗君主操纵主教的提名和任命，至格列高利七世即位，矛盾更加激化。1075年格列高利通谕废除世俗君主对教职的叙任权，神圣罗马帝国皇帝亨利四世立即予以反击，谴责教皇。1076年2月教皇革除了皇帝亨利的教籍，迫使亨利干1077年冬亲自到意大利向教皇请罪求恕。亨利得到赦罪后不久便反对教皇，再次被革除教籍。但局势反而对他有利，最终废黜了教皇格列高利，另立教皇克雷芝三世。格列高利在流亡中死去。此后又经过了反复的斗争，后予1122年订立协议，德意志主教不再由皇帝直接任命，而由教会选举产生，封地上的世俗权力则由皇帝授予，至此才结束这场争执。
根除主教制请愿
长期国会开会后，围绕取消主教制问题展开了激烈的斗争。公元1640年12月11日，伦敦5万人签名请愿书要求连根带枝完全废除主教制。国会内部对废除主教制问题分歧很大。温和派主张宗教自由，限制主教的权力。他们认为，监督宗教的权力应属于国王，废除主教制将使教会和政府分离。激进派则主张完全废除主教制，一切宗教问题由国会指派的教士会议解决。教士会议采取长老会制，取消祈祷书。众议院通过禁止主教进入贵族院的议案。在讨论中亨利·温说：“主教制和教皇主义相近；主教们成为上院议员最能促进我国民政制度的不幸状况的恶化，当他们留在国内时，就不能有巩固的公民和平。”贵族院认为各院只能有决定本院议员的资格因而否定了这项议案。众议院则弹劾12名主教犯有叛国罪。众院根据伦敦市民的请愿书起草《根枝法》，于公元1641年夏勉强通过，但被上院否决。在1642年，记过几个流产了的议案后，最后终于通过了一项将主教从上议员席位中清除出去的法令。1643年，又颁布了两项议会命令，其一宣布取消主教、教长和牧师令，其二宣布将它们的土地收归国有。