厦门市科学技术局是厦门市人民政府的下设机构。
机构职责
（一）贯彻执行国家、省创新驱动发展战略方针以及科技发展、引进国外智力的法律法规规章和政策。起草有关科技创新、引进国外智力工作的地方性法规、规章和政策并组织实施和监督检查。
（二）组织编制全市科技创新发展规划和年度计划并组织实施，组织开展产业技术分析，推动创新发展。承担科技军民融合发展、科技安全、科技保密工作。按有关规定承担安全生产方面相关职责。
（三）负责推进全市科技创新体系建设和科技体制改革，会同有关部门健全技术创新激励机制。指导科研机构改革发展，推动企业科技创新能力建设。拟定科学技术普及和传播规划、政策，指导全市科普工作。
（四）会同有关部门提出优化配置科技资源的政策措施建议并组织实施，推动多元化科技投入体系建设。会同有关部门开展科技与金融结合工作，牵头推进国家促进科技与金融结合试点城市建设。管理市级科技计划（专项、基金等），组织实施全市科技重大专项，组织申报和实施国家科技计划（专项、基金等）、省级科技计划。
（五）负责推进福厦泉国家自主创新示范区（厦门片区）和国家创新型试点城市建设。促进高新技术产业开发区建设，指导各类科技园区的开发建设。拟定科技创新平台、基地建设规划并组织实施。承担 福厦泉国家自主创新示范区厦门片区建设领导小组办公室和市创建国家创新型城市工作领导小组办公室日常工作。
（六）拟定全市基础科学研究发展规划、计划和政策措施并组织实施。协调指导全市基础研究和应用基础研究。推动科研条件保障建设和科技资源开放共享。
（七）拟定全市高新技术发展及产业化规划和政策，指导高新技术产业化及应用技术的开发与推广。负责高新技术企业培育相关工作。
（八）拟定全市农业农村科技发展规划、计划、政策和措施并组织实施。指导科技引领乡村振兴，承担推动农业农村科技进步和县域创新驱动发展工作。牵头组织开展全市科技特派员工作。
（九）拟订全市社会发展领域科技规划、计划和政策并组织实施。牵头协调、指导可持续发展实验区建设。牵头协调促进生物医药与健康产业发展。协调绿色技术创新、人口健康、资源环境、公共安全等社会发展领域的科技工作。
（十）拟订科技成果管理政策并组织实施，指导科技成果转化及技术转移工作。会同有关部门拟订全市促进产学研结合的相关政策，组织相关重大科技成果应用示范。指导科技服务业、技术市场和科技中介组织发展。
（十一）负责全市科技监督评价体系建设和相关科技评估管理，指导科技评价机制改革，统筹科研诚信建设。组织实施全市创新调查、科技报告及科技统计。
（十二）组织拟订科技合作与交流的政策措施，开展对外及对台港澳地区的科技合作与交流，组织实施政府间及与有关国际组织的科技合作项目。负责全市有关科技外事工作。
（十三）负责引进国（境）外专家、智力工作。起草全市引进海外专家智力的规划、计划和政策法规并组织实施。起草出国（境）培训规划、年度计划和政策并监督实施。
（十四）会同有关部门拟订全市科技人才队伍建设规划和政策，建立健全科技人才评价和激励机制，组织实施科技人才计划，推动高端科技创新人才队伍建设。
（十五）负责厦门市科学技术奖的评审组织工作及国家科学技术奖、中国政府友谊奖和福建省科学技术奖、福建省友谊奖的评选推荐工作。承担市国防动员委员会科技动员办公室的具体工作。
（十六）完成市委和市政府交办的其他任务。
（十七）职能转变。围绕贯彻实施科教兴市战略、人才强市战略、创新驱动发展战略，加强、优化、转变政府科技管理和服务职能，完善科技创新制度和组织体系，加强事中事后监管和科研诚信建设。从研发管理向创新服务、促进产学研深度融合转变。开展我市科技人才队伍建设和引进国外智力工作，深入推进科技计划管理改革等科技领域“放管服”改革工作，全面提升科研管理绩效，充分释放科技创新活力，为坚持高质量发展落实赶超提供强有力的科技支撑。
内设机构
根据上述职责，厦门市科学技术局设6个内设机构：
（一）厦门市科学技术局综合处
负责局机关综合协调、重要文件起草、督查督办、文电、会务、机要、档案、保密、信访、政务公开、信息宣传、新闻发布等政务工作；负责局机关并指导所属单位的财务、资产、安全保卫及行政管理工作；负责本部门预算中科学技术经费预决算编制及资金拨付；参与拟订重大科技投入政策和科技经费管理办法；负责局机关和直属单位机构编制、人事管理等工作；负责局机关离退休干部工作；参与自然科学研究系列专业技术资格评审的有关工作。
（二）厦门市科学技术局发展计划处
拟订全市科技发展规划和年度计划并组织实施，提出科技计划项目经费配置建议；组织协调国家、省各类科技计划的申报与实施；负责科技计划项目的审计、监理等相关管理工作；认定市级并组织申报国家级重点新产品；会同有关部门推进科技金融工作；参与引进人才的项目评审有关工作；拟订科技奖励、科技成果转化和技术市场管理的相关政策措施并组织实施；负责科技成果评价、登记、保密、推广工作；负责全市科技奖励和组织申报国家、省级科技奖励的有关工作；负责技术合同认定登记和技术市场的管理；承担科技评估和科技统计管理工作；指导推动科研诚信体系建设。
（三）厦门市科学技术局高新技术处
（四）厦门市科学技术局社会科技处
拟订农业与社会发展领域的科技政策措施并组织实施；组织实施农业和社会发展领域的科技计划，组织申报和协调管理农业和社会发展领域的国家相关科技计划；指导重大农业科技成果应用示范推广，指导农业科技园区的有关工作；会同有关部门协调促进生物医药产业发展；指导协调科技兴市、区工作；协调指导全市可持续发展实验区及社会发展领域科技平台建设；协调人口健康、医疗卫生、资源环境、公共安全等社会发展领域的科技工作；承担与科技有关的知识产权工作；拟订全市科普工作政策，组织全市性重大科普活动，推进科普基地建设；负责全市民营科技企业的指导、管理和服务工作；负责科技类民办非企业的审核管理工作；负责双拥共建、科技扶贫、科技下乡等工作；承担市国防动员委员会科技动员办公室的具体工作。
（五）厦门市科学技术局体系创新处
承担创建国家创新型城市的具体工作，推进全市科技创新体系建设；组织起草有关科技工作的地方性法规、规章，拟订科技发展政策，参与拟订全市科技人才政策，承担局机关规范性文件的合法性审核工作；指导协调重点实验室、工程技术研究中心、博士后工作站等研发机构建设，协调推进大学科技园、孵化器、公共服务平台等创新服务体系建设，指导管理科技中介机构，推进科技资源共享；负责促进科学仪器产业发展；协调有关部门组织实施技术创新工程，认定自主创新产品；组织开展技术创新方法培训；协调指导基础研究，组织申报973计划、自然基金等项目；确认研发项目的技术领域；协调推进科技体制改革，审核市属科研机构的组建和调整；组织科技发展战略调研，管理软科学工作。
（六）厦门市科学技术局科技合作处
拟订科技合作与交流的政策措施，组织开展国际、对台、市校与院地科技合作及交流工作，负责推进国家级对台合作与交流基地建设；组织实施科技合作计划项目，组织申报和协调管理国家国际科技合作计划项目；指导推进国际科技合作基地建设；负责全市科技外事和对台科技相关工作；负责局机关和直属单位处级及其以下因公出国（境）团组和人员的审批及国（境）外科技团组、人员来访接待；承办涉港澳台科技合作与交流有关事宜；负责国际科技会议与展览的审批工作；负责科技展会展览和项目对接会的实施工作；负责科技兴贸及技术出口的科技保密审查工作；协同有关部门开展技术引进、科技招商和引资引智工作；负责认定在厦研发机构；承担市科技顾问办公室的具体工作。
现任领导
孔曙光，现任厦门市科学技术局党组书记、局长、一级巡视员。
谢松，厦门市科学技术局党组副书记、二级巡视员、机关党委书记
白国华，现任厦门市科学技术局党组成员、中国科学院城市环境研究所党委副书记。
曹伟民，现任福建省厦门市科学技术局党组成员、副局长。
吕舰艇，现任厦门市纪委监委驻市科学技术局纪检组长、市科学技术局党组成员。
黄颖，现任福建省厦门市科学技术局党组成员、副局长。
范者胜，现任福建省厦门市科学技术局副局长。
所获荣誉
2020年4月28日，厦门市科学技术局社会科技处被中共厦门市委、厦门市人民政府授予“厦门市招商引资工作先进集体”称号。
2022年9月，厦门市科学技术局社会科技处拟被推荐为全国科技管理系统先进集体。