广州经济技术开发区国家税务局在2005年6月被国家税务总局在核定和规范全国基层税务机构设置中核批为广州市副局级单位。广州经济技术开发区国家税务局（广州保税区国家税务局）与广州市萝岗区国家税务局实行三块牌子、一套人马，合署办公。
相关通知
根据
广州市政府关于部分行政区划调整以及广州市国税局《关于撤销广州市东山区芳村区国家税务局及设立萝岗区南沙区国家税务局的通知》（穗国税发〔2005〕192号）的精神，
广州开发区、
保税区国家税务局与新设立的广州市萝岗区国家税务局以一套人马三个牌子合署办公。
根据《关于广州经济技术开发区广州保税区广州市萝岗区国家税务局规范机构设置明确职责分工方案的批复》（穗国税函[2005]229号），我局设办公室、税政管理处、征收管理处、进出口税收管理处、计划统计处、办税服务厅、人事教育处、监察室、机关党总支办公室等内设机构；设置了第一、二、三、四、五、六税务分局为派出机构。
内设机构
其内设行政机构级别与
广州经济技术开发区管理委员会所属职能部门内设机构一致，为副处级，即：办公室、政策法规处、税政管理处、征收管理处、进出口税收管理处、计划统计处、办税服务厅、人事教育处、监察室。
另设机关党总支办公室（副处级）和离退休干部管理办公室（正科级，挂靠人事教育处）。
职责分工
（一）办公室
制定局年度工作计划及长远发展规划；处理局机关日常政务，起草和审核有关文件和报告；负责综合性会议组织、秘书事务、文电处理、文书档案、文印、信访、保密、调研、政务信息、税收宣传和
外事工作；负责组织税收科研、学术交流和科研成果的鉴定、评选、推广及奖励工作；制定办公规章制度；负责督查督办工作；组织实施综合
行政管理信息系统；协助领导对有关工作进行综合协调。
（二）政策法规处
进行有关政策法规的调查研究；负责贯彻、建立和推行规范
税收执法的规章、制度；负责组织对
税收法律、法规执行情况进行监督检查；负责日常管理性监督检查；承办重大税收案件审理的日常工作；负责
税务行政复议、诉讼、听证和赔偿等涉税法律事务；负责处理纳税人对涉税事项的复核、申诉；负责规范性文件的会签把关、文件清理、税收检查案件的复查复审以及协调有关处室配合审计、财政监督等部门的外部监督工作；负责税收业务印章（有专门规定的除外）的管理和本单位对外签订合同的把关等工作；办理
人大代表建议和政协委员提案等事项。
（三）税政管理处
负责流转税、所得税（含涉外企业所得税）等
税种税政业务的贯彻执行；拟订有关流转税、所得税（含涉外企业所得税）征收管理的具体办法；负责
增值税专用发票有关政策的管理；负责
金税工程系统运行和
增值税防伪税控系统的推广应用及有关流转税业务的管理工作；负责税务案件（重大税务案件除外）的审理；牵头负责
纳税评估综合性制度、办法的制定和组织实施工作；负责涉外企业审核评税、纳税评估、
国际税收协定执行、
反避税实施、情报交换、我国及外国居民跨国收益税收监管等国际税务事项管理；负责现行涉外企业所得税
税收政策管理并对执行情况和日常管理情况进行监督检查。
（四）进出口税收管理处
负责国家进出口
税收政策及管理办法的贯彻落实、日常监督检查工作；负责出口货物退免税的审核、年终清算；负责出口货物退免税信息化管理系统的推广应用和维护工作；配合有关部门组织实施反骗税检查。
（五）征收管理处
组织实施综合性
税收征管法律、法规和规章制度并制定综合性税收征管制度和办法；负责
税务登记等税收资料的管理；牵头对征管质量的综合考核；指导个体工商户和集贸市场税收征管；负责组织征管软件和除涉及
增值税专用发票防伪税控以外的税控器具的推广和应用工作；负责社会协税护税及协助司法机关打击伪造、倒卖、盗窃
普通发票等违法活动；负责
纳税服务、日常
税源基础管理及其综合制度、办法的制定；贯彻上级关于
税务代理方面的监督、管理、指导工作。
（六）收入核算处
负责
税收计划管理、
税收会计、统计和信息数据的分析汇总；承担
纳税人申报纳税信息的集中处理和会统核算工作，组织并检查税款入、
退库；负责
税源资料的调查和测算，进行
税收分析，监控
重点税源；负责税款缓缴、呆帐税金、死欠税款的核算和监督管理工作；负责对
税收票证的管理；负责本局经费、财务、基本建设、装备和资产的
资金管理工作；组织内部审计和指导政府采购工作；负责本局的财务管理和监督。
（七）办税服务厅
负责
纳税人到税务机关办理的各种涉税事项，具体包括
税务登记、
纳税申报、
税款征收、税款解缴、
欠税公告、发票购销、税法宣传、金税发售、
报税稽核、咨询辅导和受理减免申请及有关优惠政策申请等；承办领导交办的其它工作。
（八）人事教育处
研究和执行人事管理制度；负责机构、编制、任免、奖惩、考核、录用、调配、交流、辞退、劳动工资、
人事档案管理、
专业技术职务等
人事管理工作；负责计划生育管理工作；负责对下一级领导班子和领导干部的监督管理和后备人选的培养选拔工作；负责本局思想政治工作、精神文明建设和基层建设；负责教育培训管理及其实施工作。
离退休干部办公室负责本局离退休干部的管理和服务工作。
（九）监察室
负责本局各级工作人员贯彻执行党和国家的路线方针及
税收法律、法规情况的监督检查；负责本系统党的纪律检查、
行政监察和
党风廉政建设工作；负责执法监察和纠风工作；负责
信访举报的受理、核查工作；负责本级管理的干部违法违纪案件的查处；按照管理权限负责领导干部的离任审计工作。
另设机关党总支办公室，负责本局的党务、工会、共青团、妇联等工作。
派出机构
广州经济技术开发区国家税务局（
广州保税区国家税务局）、广州市萝岗区国家税务局按照精简高效的原则，按照经济区域划分，下设6个税务分局。税务分局为非全职能机构，是广州经济技术开发区国家税务局（广州保税区国家税务局）、广州市萝岗区国家税务局的派出机构。
税务分局
1.广州经济技术开发区国家税务局、
广州保税区国家税务局、广州市萝岗区国家税务局第一税务分局；
2.广州经济技术开发区国家税务局、广州保税区国家税务局、广州市萝岗区国家税务局第二税务分局；
3.广州经济技术开发区国家税务局、广州保税区国家税务局、广州市萝岗区国家税务局第三税务分局。
4.广州经济技术开发区国家税务局、广州保税区国家税务局、广州市萝岗区国家税务局第四税务分局。
5.广州经济技术开发区国家税务局、广州保税区国家税务局、广州市萝岗区国家税务局第五税务分局。
6.广州经济技术开发区国家税务局、
广州保税区国家税务局、广州市萝岗区国家税务局第六税务分局。
职责分工
1.第一至第五税务分局，主要负责对所辖
税源的监控管理工作，对辖区内
纳税人实行分类管理和有效服务。具体负责所辖纳税户
税务登记及
纳税申报的调查核实、进行
税收预测和分析、税收宣传、纳税辅导、税收调研、
纳税服务、日常检查、户籍管理、政策送达、税源调查、定额核定、催报催缴、数据采集分析、组织实施
纳税评估、处理一般性违规违章行为和
税款征收等，承办上级局交办的其他工作。
2.第六税务分局主要负责
小规模纳税人涉税案件的查处工作，上级部门交办、其他部门转办的一般纳税人的专案稽查，上级部门交办的专案协查工作；负责受理本区涉税案件举报，并查处检查分工范围内的案件；协助对口稽查局整顿、规范
税收秩序和开展稽查工作；在日常征管过程中协助清理漏征漏管户、协助清理长期
欠税(经征管局采取各项措施多次催缴无效的欠税钉子户)、协助追踪失踪户等；负责本区国家税务局与对口稽查局的沟通、联系和衔接工作；对本区内征管过程中发现的
纳税人偷骗税行为和线索向对口稽查局反映，并视情况作案源线索移送处理；对区域稽查局反馈的征管情况和执法情况及时向所在征管局反映；负责在办案过程中与当地公安、检察、法院等部门的协调工作。
事业单位
广州经济技术开发区国家税务局（
广州保税区国家税务局）、广州市萝岗区国家税务局设置3个事业单位，级别为副处级，即：信息中心、票证中心、机关服务中心。
（一）信息中心
组织本级信息系统建设；执行信息系统管理制度和技术标准；负责管理和维护计算机网络、设备、应用系统和数据库；参与上级组织的应用软件开发；负责税控器具在推广中的应用及技术培训工作，为税收业务提供技术支持；负责计算机信息安全的技术工作。
（二）票证中心
负责发票的计划、领取、发放、保管以及折让证明单的领发；负责发票的鉴定；负责废旧“两卡”的收缴；负责对纳税人申请订购发票的管理；负责组织发票专项检查；负责填报各种发票报表；承办领导交办的其它工作。
（三）机关服务中心
拟定本局后勤服务和行政事务的规章制度及管理办法并组织实施；负责本局后勤服务的
组织管理工作；负责本局综合治理工作；负责本局办公物品的采购、保管、分配和维修工作；负责本局房产管理、安全保卫、医疗保健、装备管理和物业管理等工作。