根据中央梅州市委、梅州市人民政府《关于印发<梅州市市级党政机构改革方案实施意见>的通知》（梅市府办〔2010〕25号），核定梅州市审计局机关行政编制30名，后勤服务人员事业编制4名。设局长1名，副局长3名，总审计师1名，正、副科长（主任）16名。
主要职责
（一）主管全市审计工作。负责对市级财政收支和法律法规规定属于审计监督范围的财务收支的真实、合法和效益进行审计监督，对公共资金、国有资产、国有资源和领导干部履行经济责任情况实行审计全覆盖，对领导干部实行自然资源资产离任审计，对有关重大政策措施和宏观调控部署贯彻落实情况进行跟踪审计。对审计、专项审计调查和核查社会审计机构相关审计报告的结果承担责任，并负有督促被审计单位整改的责任。
（二）起草有关地方性审计法规、规章草案，拟定本市审计政策，制定审计指南并监督执行。制定并组织实施全市审计工作发展规划、专业领域审计工作规划，统一管理全市审计项目计划，审核县级审计局审计项目计划并报省审计厅审批。参与起草财政经济及其相关的法规、规章草案。对直接审计、调查和核查的事项依法进行审计评价，作出审计决定或提出审计建议。
（三）向市委审计委员会提出年度市级预算执行和其他财政支出情况审计报告。向市政府和省审计厅提出年度市级预算执行和其他财政收支情况的审计结果报告。受市政府委托向市人大常委会提出市级预算执行和其他财政收支情况的审计工作报告、审计查出问题整改情况报告。向市委、市政府和省审计厅报告对其他事项的审计和专项审计调查情况及结果。依法向社会公布审计结果。向市委、市政府有关部门和县（市、区）党委、政府通报审计情况和审计结果。
（四）直接审计下列事项，出具审计报告，在法定职权范围内作出审计决定：有关重大政策措施和宏观调控部署贯彻落实情况；市级预算执行和其他财政收支，市级各部门（含直属单位）预算执行情况、决算和其他财政收支；县（市、区）人民政府预算执行情况、决算草案和其他财政收支；使用市财政资金的事业单位和社会团体的财务收支；市政府投资和以市政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算，市重大公共工程项目的资金管理使用和建设运营情况；自然资源管理、污染防治和生态保护与修复情况；市属国有企业和金融机构、市政府规定的市属国有资本占控股或主导地位的企业和金融机构境内外资产、负债和损益，市驻外非经营性机构的财务收支；有关社会保障基金、社会捐赠资金和其他有关基金、资金的财务收支；国际组织和外国政府援助、贷款、赠款项目；以及法律法规规定的其他事项。
（五）按规定对市管党政主要领导干部及其他单位主要负责人实施经济责任审计和自然资源资产离任审计。
（六）组织实施对财经法律法规、规章、政策和宏观调控措施执行情况、财政预算管理及国有资产管理使用等与市级财政收支有关的特定事项进行专项审计调查。
（七）依法检查审计决定执行情况，督促整改审计查出的问题，依法办理被审计单位对审计决定提请行政复议、行政诉讼或市政府裁决中的有关事项，协助配合有关部门查处相关重大案件。
（八）指导、监督全市内部审计和农村集体经济审计工作，核查社会审计机构对依法属于市审计局审计监督对象的单位出具的相关审计报告。
（九）与县（市、区）党委和政府共同领导县级审计机关。依法领导和监督全市审计机关的业务，组织全市审计机关实施特定项目的专项审计或审计调查。审定县级审计机关拟向本级人大常委会提出的本级预算执行和其他财政收支情况审计工作报告。监督检查全市审计机关的审计质量，纠正或责成纠正县级审计机关违反国家和省、市规定作出的审计决定。按照干部管理权限协管县（市、区）审计机关负责人，推动建立分类科学、权责一致的审计人员管理制度和职业保障机制。
（十）组织开展审计领域的对外交流与合作，指导和推广信息技术在审计领域的应用。
（十一）完成市委、市政府和上级审计机关交办的其他任务。
（十二）职能转变。市审计局应当进一步完善审计管理体制，加强全市审计工作统筹，明晰各级审计机关职能定位，理顺内部职责关系，优化审计资源配置，充实加强一线审计力量，构建集中统一、全面覆盖、权威高效的审计监督体系；优化审计工作机制，坚持科技强审，完善业务流程，改进工作方式，加强与相关部门的沟通协调，充分调动内部审计和社会审计力量，增强监督合力。
内设机构
办公室
负责文电、会务、机要、档案、后勤等机关日常运转工作。承担信息、安全保密、信访、政务公开、机构编制、人事管理、劳动工资、教育培训等工作。承担重要文稿的起草和审核有关工作，对审计成果进行整理研究和综合利用。负责机关和所属事业单位的党建、纪检监察、工青妇、离退休干部工作，指导全市审计机关党建工作。承担协管县级审计机关领导班子、全市审计机关机构编制的有关事项，以及审计人员职业化建设工作。联系特约审计员。
综合计划财务科
承担全市审计机关审计项目计划统筹，负责拟订审计工作规划、全市统一组织的审计项目计划和局年度审计项目计划，审核县级审计局审计项目计划并报省审计厅审批，指导、监督检查全市审计机关审计项目计划实施情况。组织开展涉及全局或行业性的重点资金和重大项目审计。负责审计统计工作。组织对全市审计机关各项财政财务收支的审计监督及各项工程的预、结算审计。负责局机关财务和资产管理工作。
法规审理科
起草有关地方性法规、规章草案和审计指南。参与起草财政经济及其相关的法规、规章草案工作。组织审定县级审计机关拟向本级人大常委会提出的本级预算执行和其他财政收支情况审计工作报告。审理审计业务事项。监督检查全市审计机关审计业务质量，依法纠正或责成纠正县级审计机关违反国家和省、市规定作出的审计决定。负责对重大违纪违法问题线索的移送协调。承担有关规范性文件的合法性审核工作。承担有关行政复议、行政应诉等工作。
整改监督与内审指导科
督促整改审计查出问题。牵头起草各类审计查出问题的整改情况报告。推动建立健全内部审计制度，对市直部门和企事业单位内部审计机构进行业务指导，监督内部审计职责履行情况，检查内部审计业务质量。组织核查社会审计机构对依法属于市审计局审计监督对象的单位出具的相关审计报告。组织对局机关预算执行情况、决算草案和其他财政收支的审计。指导和监督农村集体经济审计工作。
财政金融债务审计科
组织审计市级预算执行和其他财政收支，县（市、区）人民政府预算执行、决算草案及其他财政收支情况。组织审计市属国有金融机构和市政府规定的市属国有资本占控股或主导地位金融机构的资产、负债、损益及其境外国有资产投资、运营和管理情况。组织审计全市政府债务、隐性债务和其他相关债务。
行政事业审计科
组织审计市直财政预算拨款单位及下属单位的预算执行情况、决算草案和其他财政财务收支。组织审计市直相关部门及直属单位、县级人民政府管理的有关专项资金。组织审计有关部门和单位网格和信息化项目。
经济责任审计科
组织对市管党政主要领导干部、市属事业单位和市属国有企业主要领导人员的经济责任审计。承担市经济责任审计工作联席会议有关工作。
农业农村与资源环保审计科
组织审计农业农村、扶贫开发以及其他相关公共资金和建设项目。组织开展领导干部自然资源资产离任审计以及自然资源管理、污染防治和生态保护与修复情况审计。
固定资产投资与企业审计科
组织审计市政府投资和以市政府投资为主的建设项目以及其他关系到国家利益和公共利益的市属重大公共工程项目。组织审计工信、交通及其他相关资金和项目。组织审计市属国有企业和市政府规定的市属国有资本占控股或主导地位的企业的资产、负债、损益及其境外国有资产投资、运营和管理情况。负责对市属国有企业相关审计工作。组织审计市驻外非经营性机构的财务收支以及国际组织和外国政府援助、贷款项目。承担有关专项境外审计工作。
社会保障审计科
组织审计市政府相关部门、县级人民政府管理和其他单位受市政府及其部门委托管理的社会保障资金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金，开展相关专项审计。组织审计重大政策措施和宏观调控部署贯彻落实情况。
电子数据审计科
组织开展审计业务电子数据的采集、验收、整理和综合分析利用。组织对有关部门和国有企事业单位网络安全、电子政务工程和信息化项目以及信息系统的审计。组织协调、指导推进大数据审计和在线联网审计。
直属单位
梅州市审计局计算机审计中心
负责全市“金审工程”的规划、建设和管理；承担全市审计机关计算机数据审计、信息系统审计工作；组织开展计算机审计方法、技术的交流和推广。
梅州市审计局绩效审计室
1、负责组织开展财政资金使用情况的绩效审计。
2、负责组织开展政府投资建设的重大项目资金绩效审计。
3、负责组织开展涉农、扶贫、救灾等民生专项资金绩效审计。
4、负责组织开展计算机辅助审计。
5、负责组织开展相关专项审计调查，促进提高财政资金使用效益和政府绩效管理水平。
6、配合做好国家审计署、省审计厅来梅进行项目审计的协调、跟进及陪同工作。
7、承担上级审计机关和市委、市政府交办的绩效审计任务。
现任领导
副局长：林小琼
所获荣誉
2020年12月，评为2018至2020年度“广东省文明单位”。