根据《中共玉溪市委、玉溪市人民政府关于玉溪市市县乡机构改革的实施意见》（玉发 [2001]44号）文件，玉溪市教育委员会更名为玉溪市教育局。玉溪市教育局是主管全市教育事业的市政府工作部门。
增加的职能
（一）将市经贸委、农业局、卫生局、体委、
劳动局、交通局分别管理的农业学校、卫生学校、体育运动学校、汽车驾驶技术培训学校以及由原工校、财校、技校三校合并成立的玉溪工业财贸学校的管理职能，交由市教育局承担。
（二）将市直机关工委管理的市直各学校党委的职能，交由市教育局党委承担。
（三）市委、市政府有关引进高校办学的具体事宜，云大校区建设的有关协调工作，由市教育局负责协调办理。
（四）全市社会力量办学工作，由市教育局负责审批、管理和指导。
（五）市政府对下级人民政府及其教育行政部门、中等及中等以下学校贯彻执行国家教育方针、政策的情况进行指导、监督、检查和评估的职能由市教育局承担。
主要职责
玉溪市教育局主要职责是：
（一）贯彻执行国家的教育方针、政策，研究制定全市教育工作的方针、政策、规章制度并组织实施。
（二）领导市直学校党建工作，制定市直学校党建工作规划，指导市直学校搞好党的思想建设、组织建设和作风建设，做好市直学校党委、纪委换届工作和党员的管理教育工作。负责市直学校干部队伍建设和管理工作。按照干部管理权限，做好市直学校中层以上领导干部的推荐、考察、讨论、审批及上报工作。
（三）研究提出全市教育改革与发展战略和全市教育事业发展规划；拟定教育体制改革的政策以及教育发展的重点、结构、规模、速度和步骤，指导并协调实施工作；承办高等学校、中等职业学校的建立、调整、撤销及其发展规模、学制、专业的审查报批工作；指导社会力量办学工作。负责对国内外教育的交流。
（四）综合管理和协调指导全市的基础教育、职业技术教育、成人教育、民族团结教育等工作；指导、协调各县（区）、各部门有关教育的工作。
（五）统筹管理教育经费；参与拟定筹措教育经费、教育拨款、教育基本建设投资的政策，负责市级教育经费和补助专款、教育基建专款的分配、管理；监测全市教育经费的筹措和使用情况；按有关规定归口管理国外、市外对我市的教育援助和教育贷款。
（六）主管全市教师工作，组织全市各级各类学校实施教师资格制度；协调指导各级各类学校的机构编制工作；会同有关部门制定全市教育系统劳动工资及干部人事管理工作的有关政策，指导学校内部管理体制改革；统筹规划学校教师和管理人员的队伍建设工作，负责直属学校人事管理工作；主管全市各级各类学校教师专业技术职务评聘工作。
（七）规划并指导全市各级各类学校的思想政治工作、德育工作；掌握并分析教职工和学生的思想状况，及时处理好突发性的重大问题。
（八）指导各级各类学校做好体育卫生与艺术教育工作及国防教育工作；综合协调、指导全市青少年校外教育工作。
（九）指导全市各类教育教学改革和教育评估工作；组织对普及九年义务教育、扫除青壮年文盲工作的督导与评估。
（十）指导督促直属学校纪检、监察和审计工作；宏观指导全市教育系统的纪检及行政监察和审计工作。
（十一）组织实施各类高等、中等学校的招生考试、全国统一的硕士研究生招生考试、全国高等教育自学考试和社会考试工作；制定中学、中等职业学校招生计划；负责各类中等职业教育的学籍管理；配合有关部门做好高校、中等职业学校毕业生就业工作。
（十二）负责对引进高校办学政策措施的制定并组织实施；与高等院校洽谈具体的引进办学事宜，做好筹建过程中的相关工作；负责云大校区建设的协调工作。
（十三）统筹指导全市社会力量办学工作，加快民办教育发展；负责对民办学校的审批，实行办学许可证制度和年检制度；负责对民办学校的教师培训、教研教改、教学评估、执行国家规定的课程计划和教学大纲的情况等进行管理。
（十四）统筹规划并指导全市各级各类学校信息化教育、教学仪器和实验设备的配备工作。
（十五）指导各级各类学校勤工俭学和校办产业工作。
（十六）负责教育基本信息统计、分析和发布。
（十七）贯彻执行国家语言文字工作的方针、政策；编制全市语言文字工作的中长期规划；组织实施国家制定的汉语言文字规范和标准并协调监督检查；指导推广普通话和普通话测试工作；承办市语言文字工作委员会的具体工作。
（十八）管理直属事业单位，指导有关教育学会、协会、基金会等社团组织的工作。
（十九）承办市委、市政府和上级机关交办的其他工作。
内设机构
根据上述职责，玉溪市教育局内设7个职能处室（正科级）：
（一）办公室
综合协调机关重要政务、事务；负责各类文件的运转和管理；负责局务会、局长办公会、全市教育工作会等重要会议的组织安排及督办工作；负责新闻宣传、文秘、信访、保密、档案、安全保卫工作；负责人大代表建议、政协提案的综合办理工作；负责教育政务信息的收集、整理、传递工作；负责引进高校办学的协调工作；负责离退休干部的管理和服务工作。
（二）党委办公室
制定市直学校党建工作规划；指导市直学校党组织和校级领导班子的思想、组织、作风、廉政建设；负责市直学校干部队伍建设和管理工作；审查、报批市直学校党委、纪委设置、党代会方案和党委、纪委组成方案；指导市直学校基层党组织和党员发展、教育、管理工作；综合协调和处理教育局党委、纪委的日常事务工作；负责党委、纪委会议的筹备组织和记录工作；负责党委、纪委决议的贯彻落实和督促检查工作；负责工会、青年、妇女等群团工作和统战工作；负责局机关及所属事业单位（学校）的纪检监察工作，指导全市教育系统的纪检及行政监察工作；负责党委、纪委文件材料的草拟、制作和分发；负责党内资料的征订、收发和保管；负责党费的收缴和管理；负责拟定局机关干部职工的学习计划并组织实施，完成上级党委、纪委交办的工作。
（三）人事师训处
统筹规划、协调指导全市各级各类学校教师和教育行政干部队伍建设；组织全市各级各类学校实施教师资格制度；负责全市教育系统的职称改革，主管全市各级各类学校教师专业技术职务评聘工作；负责全市教育系统特级教师、有突出贡献的专业技术人才的评审、报批工作。指导学校内部人事制度和劳动管理体制的改革；主管局机关、直属学校及直属单位的干部人事、劳动工资和机构编制工作；与党办共同承担对局机关、直属学校中层干部的考察工作；负责全市教师、教育工作者的表彰、奖励工作。统筹规划和指导各级各类学校师资培训、校长培训工作；对全市教师进修学校实施宏观管理和指导。配合有关部门做好高校、中等职业学校毕业生就业指导工作。
（四）计划财务处
制定全市教育事业发展的中长期规划和年度计划；负责全市教育基本信息统计、分析；负责拟定全市普通中学、中等职业学校招生计划。管理直属学校和直属事业单位的基建投资；指导全市教育系统校舍建设和改善办学条件的工作。参与拟定教育经费筹措和管理的文件、政策；负责市级教育经费和教育补助专款预算的编制、分配、管理和全市教育事业费财务结算及资料汇编工作，统筹管理赠援款和外资贷款。编制直属学校和直属事业单位经费的预算和决算，管理和指导直属学校和直属事业单位的财务工作；负责直属学校的国有资产管理和监督；根据国家收费政策统筹管理各类教育收费工作；负责直属学校财政统发工资的协调、审核、汇总、上报工作；负责有关工商税务、物价、财务检查等方面的协调工作；负责内部审计，指导教育系统审计工作。
（五）基础教育处
综合管理全市基础教育工作，重点规划、指导、推动九年义务教育、扫除青壮年文盲、信息技术教育工作，指导基础教育的教学改革和体制改革，制定基础教育评估标准和教学、教材建设的基本文件并组织实施；指导全市中、小学教育、幼儿教育和残疾儿童的特殊教育工作；负责高中会考和学籍管理工作，综合管理并协调指导全市的民族教育工作。指导学校体育、卫生健康和艺术教育工作；指导并协调学校国防教育和学生军训工作；指导学校绿化美化、校园文化建设和勤工俭学等工作。指导各级各类学校德育工作。管理和指导社会力量举办基础教育的工作。
（六）职业教育与成人教育处
统筹管理普通及成人中等职业教育、成人文化技术教育，拟定职业技术教育、成人文化技术教育发展规划；负责各类中等职业教育学历和学籍管理工作；负责研究职业技术教育和成人文化技术教育体制改革和布局、结构的调整并指导实施；研究提出各类中等职业学校设置标准，负责中等职业学校专业设置的审批；研究制定职业技术教育、成人文化技术教育的评估标准和指导性教学文件并组织实施；指导中等职业教育、成人文化技术教育教学改革、师资队伍建设和教材建设工作；负责社会力量办学学校的审批、专业设置的审批和社会力量举办的中等职业教育学历及学籍的管理工作，指导社会力量举办各类初、中等职业教育以及职业证书考试工作；指导扫除文盲工作；指导教育系统的广播、电视、函授等远程教学工作。
（七）玉溪市人民政府教育督导办公室
贯彻国家和省、市政府颁发的教育督导法规，对下级人民政府及其教行国家有以及“两基”巩固提高的情况进行监督、检查、评估和验收；承办教育关教育行政部门、中等及中等以下学校贯彻执育方针、政策督导办公室的日常事务；指导县（区）教育督导工作。