重庆教案是指发生在1863～1886年期间的两次教案，外国列强凭借不平等条约在中国领土恣意妄为，引起中国广大人民的不满与反抗，双方发生的激烈冲突。
第一次
1858年，在川
法国传教士以《
天津条约》、《
北京条约》中有关对传教弛禁、还堂条款为由，要求退还
川东4所教堂旧址，请准以重庆城内长安寺地改修重庆教堂。教士范若瑟持清廷文牒，强行拆除长安寺，修建真原堂。
川东三十六民团保甲暨八省会馆首事办公聚会地均被逼迁出。不久，范若瑟升任川东
教区主教，又扩建真原堂为主教座堂，侵及附近民产民居，激起民众公愤。1863年3月，重庆民众一举捣毁真原堂及教士住宅多处。
教案发生后，范若瑟通过法驻京公使向清总理衙门施加压力，索取巨额赔款。清廷指令八旗
成都将军、署理川督
崇实火速办理。
经调停议妥：由重庆府八省会馆赔偿教会银20余万两，法国传教士另择地建堂；重庆府各属境内教会可自由购地建房；长安寺转给八省会馆，永作办公之所。
第二次
1886年6月，
美国基督教士在重庆城西鹅项颈购地建房，士绅赵昌勖等以其压断地脉、有伤风水为由，联名呈请县官制止，未得断结，众愤不平。适逢重庆府
武童生府试，应试武生带头聚众数千人，于7月1日，将鹅项颈美教士房屋拆毁，随即进城打毁亮风垭、丛树牌两处
英国教堂及城内法国教堂，烧毁教士及教徒住宅。7月2日，继续在城内拆毁教徒房屋，对象多为“殷实富家”。家住杨柳街的教徒罗元义，早已招有打手防备。打教群众前来拆房，反被杀毙11人，伤22人，引起全城民众极大愤怒。两天之内，
巴县及
大足、
铜梁等地焚毁教民房屋250余家，重庆城内及附廓美、英、法教堂、洋房、医馆全毁。川东各属州县民情汹汹，民教双方皆聚众械斗。7月初，江北厅教民持械聚众，焚毁铺屋400余家。川东各属民众纷纷自组民团，声言打教。7月25日，
南川、
綦江民团攻打重庆白果树神学院，双方各有较大伤亡。
清廷对重庆教案极为震惊，于1886年8月13日、23日连下两道上谕，命川督
刘秉璋查办。
刘秉璋委派候补知府唐翼祖、罗享奎前往查勘，会同川东道、重庆府、
巴县各官同
法国驻渝领事、主教商议赔偿合约。1887年1月11日，各方议定赔款合同，计赔偿
法国银22万两，
美国2.3万两，
英国1.857万两，总计26.157万两（含
大足、
铜梁赔款），所有赔款，俱由川东道筹集。1月15日，川东道奏报重庆教案人员定罪情况：罗元义、石汇处斩枭示；吴炳南、何包渔秋后处绞；余犯或杖责枷号，或饬通缉。12月21日，川东道、重庆府、
巴县与重庆镇都督府联衔告示，宣称重庆教案现已议结，鹅项颈等处地产已赎回，“永作官荒，不准修复”；今后修建教堂“不得格外华丽”，“以免骇人观瞻，致扰物议”。
反洋教起义
鸦片战争后，西方教会在不平等条约的庇护下，向中国派遣了为数众多的传教士。随着外国资本主义对中国侵略的加深，传教士也开始深入到中国内陆地区。1860年《
北京条约》签订后，原在四川已有相当基础的巴黎外方传教会即以重庆为据点，设立主教，管辖云、贵、川诸省教务。1877年，英国人在重庆建立了四川的第一个天主教堂，开始在四川传教。嗣后，
美以美会、
圣公会、
伦敦会、
公谊会、
浸礼会、英美会等外国教会，相继侵入四川，大肆发展教徒，扩充教会势力。
外国传教士除极少数是真正传教外，绝大多数是披着宗教的外衣，干着各种侵略勾当及危害当地人民的坏事：他们或强迫百姓入教，如不应允，就勾结官府，搞得百姓倾家荡产，家破人亡；或侵占百姓土地，掠夺百姓财产，并霸占文庙、祠堂等公用设施；或占据要津，四处活动，搜集政治、经济、军事、文化、社会情报，干着危害中国的间谍活动。外国传教士的所作所为，引起了中国人民持续不断的驱杀教士教民、捣毁教堂的反洋教斗争。仅重庆就发生了多起，其中影响较大的有
酉阳教案、重庆教案、
大足教案和余栋臣反教会起义。
1862年，法国传教士邓司铎到酉阳传教，在小摇坝修建天主教堂“公信堂”，一些教民以传教士为护符，横行乡里，强迫群众奉教，激起士民怨愤。1865年2月，数百群众将公信堂捣毁。8月27日，酉阳民众又自发在县城集会游行，抗议教士教民欺凌平民。29日，有群众数十人到城隍庙与教士玛弼乐论理。玛氏出言不逊，逞凶打人，被群众殴毙。在法国公使威胁下，四川总督于1867年以处死1人，杖、徒、充军数人，由民众赔款8万两银结案。此次教案以护教抑民了结后，教士教民更加嚣张。1868年，法国教士李国在酉阳组织教堂武装，欺凌平民，激起公愤。1869年1月，民团首领何彩率众进城焚毁新修教堂，杀死李国。与酉阳毗邻的贵州群众也赶到酉阳参加反洋教斗争。教案发生后，酉阳知州派兵迫令民众缴械解散。华籍教士覃辅臣却乘机报复，率教堂武装杀死群众145人，伤700余人。在法国恫吓下，清政府以处死民众2人，杖、流被捕群众，赔款18000两白银结案，覃辅臣及不法教民在法国传教士的庇护下却逍遥法外。是为“酉阳教案”。
与此同时，重庆市区及近郊也先后发生过两次教案。
1862年，法国公使提出将重庆城内长安寺给予川东主教改建为天主堂。消息传出，引起重庆绅商的强烈反对。法方却坚持其无理要求，并向清廷施压。清廷害怕引起衅端，令四川省尽快将长安寺交给天主教会，从而引发重庆民众打教。1863年3月，上千团勇和群众，将天主教最大的真元堂及教堂设的医馆等捣毁。事发后，四川总督及成都将军立即将川东道吴镐撤职，并采取措施防止事态扩大。最后，法国主教范若瑟与重庆绅商于1864年达成协议：天主教不再要求将长安寺改建为教堂，重庆绅商付给范若瑟15万两白银作为赔偿，对打教者也不予深究。是为第一次重庆教案。
第二次重庆教案发生在1886年，由美、英传教士购地建屋引起。1885年冬，美、英教士分别在重庆鹅项岭、凉风垭、丛树碑购地建教堂、住所，遭到民众强烈反对。1886年7月1日，数百武童生及群众将美、英传教士在上述三地所建房屋全部捣毁。事后，成千上万群众又将城内教堂和教会建的医院、住宅捣毁，并与恃教欺民的教民罗元义发生冲突。罗指挥教会武装打死群众11人，伤22人，群众更加气愤，四处“打教”。在武童、民团的带动下，商人罢市，武童罢考，群众将重庆城内所余教堂及教会所建之各类房屋全都打毁。由此引起了川东30余州县反洋教的风潮以及毗邻重庆的鄂、黔各县的打教事件。事发后，英、美、法公使向清廷大肆要挟。川督只得派员至渝与重庆地方官会同处理此事。经与对方反复磋商，最后以处死凶手罗元义及民众首领2人，以银赎回英、美教士所购之地，并向英、美、法教会赔款白银26万余两结案。
1886年、1887年，大足县龙水镇人民因不满法国教士、教民的横行，曾两次打毁龙水及附近地区的教堂。但教士获得赔偿后又鸠工重建。1890年，重修的教堂竣工，适逢当地
灵官会期将至，法国教士彭若瑟害怕群众再次打教，要求大足县令禁止龙水镇举行灵官会，并召集上百教民，配备刀枪，藏于教堂内。8月4日灵官会这天，群众仍聚集龙水。此时又发生了教民打死群众和焚毁民房事件，激愤的群众因此奋起，捣毁教堂。事后，教士逼迫知县惩办为首人员。以挑炭为生的
余栋臣遂组织煤窑、纸厂工人和小贩数百人竖旗起义，攻入龙水镇，号召人民驱逐教士。大足、铜梁等县数百里内纷起响应。但在清军的分化和镇压下，起义失败。
余栋臣第一次起义失败后，被朝廷通缉，藏匿民间。1898年4月，清吏将余栋臣诱捕，关押在荣昌。参加过余栋臣起义的蒋赞臣、张桂山等将余从监狱救出，回到龙水镇后，余栋臣再次宣布起义，队伍扩展至6000余人。7月初，余派兵将法国教士华芳济捉获，并当众宣布教会罪恶，号召起义，以武力驱逐洋人。8月初，余栋臣发布告示，揭露帝国主义侵华罪行，痛陈中国面临被瓜分的危机，提出“顺清灭洋”、“除教安民”的口号。起义军以龙水镇为据点，兵分五路，向铜梁、荣昌、隆昌、江北、安岳、合川进攻，队伍发展到1万余人，远近30余州县纷起响应。面对迅速发展的义军，清政府调集大军镇压。四川布政使王之春以优势兵力将义军各个击破，迫使余栋臣放弃龙水镇，退入西山。在清军重兵围困下，1899年1月，蒋赞臣、余栋臣先后下山至清营请降。余被押往成都禁锢终身，蒋赞臣被遣西安。至此，余栋臣第二次起义失败。
重庆教案与余栋臣起义，是在甲午战后民族危机空前严重的情况下发生的，具有鲜明的反帝色彩。这些教案、起义在重庆、四川乃至中国南方都产生了巨大影响，它们是“义和团运动”的前奏。
教案影响
清廷对重庆教案极为震惊，于1886年8月13日、23日连下两道上谕，命川督
刘秉璋查办。刘秉璋委派候补知府唐翼祖、罗享奎前往查勘，会同川东道、重庆府、巴县各官同法国驻渝领事、主教商议赔偿合约。1887年1月11日，各方议定赔款合同，计赔偿法国银22万两，美国2.3万两，英国1.857万两，总计26.157万两（含大足、铜梁赔款），所有赔款，俱由川东道筹集。1月15日，川东道奏报重庆教案人员定罪情况：罗元义、石汇处斩枭示；吴炳南、何包渔秋后处绞；余犯或杖责枷号，或饬通缉。12月21日，川东道、重庆府、
巴县与重庆镇都督府联衔告示，宣称重庆教案现已议结，鹅项颈等处地产已赎回，“永作官荒，不准修复”；今后修建教堂“不得格外华丽”，“以免骇人观瞻，致扰物议”。