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Entrez

在线资源检索器

Entrez 是美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。该资源将GenBank序列与其原始文献出处链接在一起。 Entrez 是由NCBI主持的一个数据库检索系统。

简介
它包括核酸，蛋白以及Medline文摘数据库，在这三个数据库中建立了非常完善的联系。因此，可以从一个DNA序列查询到蛋白产物以及相关文献，而且，每个条目均有一个类邻（neighboring）信息，给出与查询条目接近的信息。
数据库包括
Entrez中核酸数据库为：GenBank,EMBL,DDBJ
蛋白质数据库为：Swiss-Prot,PIR,PFR,PDB
PubMed
基因组和染色体图谱资料
检索领域：（Search Fields）
在WWW Entrez检索系统中，检索内容被分为许多小的领域，每一个检索领域包含以下信息：
进入（Accession）：包含进入号
相关性（Affiliation）：包括该检索领域建立时的相关信息，原作者地址，有时亦有其他作者地址
作者姓名（Author Name）：包含文章作者清单。
E.C号（E.C.Number）：是酶学委员会命名的酶的编号
特征词（Feature Key）：描述DNA特征的关键词
基因符号（Gene Symbol）：基因的标准名称。
杂志名（Journal Title）：为检索条目第一次发表时的杂志名，该杂志名是以缩写形式储存于数据库中，如果不清楚杂志是如何缩写的可采用List Terms来查看。
关键词（Keywords）：可以使用较特定的索引条目来检索以上数据库。类似于医学光盘检索。
Medline UID ：是Medline对每一个条目给出的唯一识别标记。
MeSH主题词（MeSH Terms）：包括 MeSH的主题词，下级主题词。
MeSH主要关键词 （MeSH Major Topic）：为检索条目十分重要的MeSH词目。
修改日期（Modification Date）：包含该条目进入Entrez的日期，与出版日期一样，以年/月/日形式出现
页数（Page Number）：该文章所在杂志的页码。
特性（Property）：一个或几个关键词，用来描述该序列的类型。
出版日期（Publication Date）：包含文章出版日期以及序列录入GenBank的日期。
PubMed ID:PubMed对每一个条目给出的识别标记。
物种（Organism）：包含与该蛋白或核酸序列相关物种的学名和俗名。
蛋白质名称（Protein name）:
Seq Id: 与FASTA识别标记类似，为序列的一种识别标记
物质（Substance）：与该条目相关的化学物质名称。
文字检索词（Text Words）：包含文章中的所有词，其中：
Medline词目：标题和文摘
蛋白质词目：定义，评论，蛋白名称，蛋白描述
核酸条目：定义，评论，基因名称，基因名称
标题检索词（Title Words）：在标题中出现的词，或在描述该条目时出现的词。
卷（Volume）：刊登该文章杂志所在卷
使用Medline UID,PubMed ID和 Seq ID进行检索时，在栏目框中要输入数字。如要输入多个数字，中间要用空格或逗号隔开。并选择相对应的检索领域。
检索模式（Search Modes）
www Entrez可以采用几种不同途径的检索方式
名词列表格式（list term）：当输入一检索词后，Entrez将列出与此相关的该领域中所有标准的检索词名称，此时，可选择一或多个标准名词去检索。
自动格式（automatic）：当输入一个检索词后，即自动检索，如果输入的检索词超过一个，则Entrez会自动将之组合起来，如果无结果，则可尝试将这多个检索词用“ ”括起来。
阅读文献（Viewing Document）
每一个文件都可以有数种阅读方式，目的各不相同。一般来说，“引文格式（citation）”最适合于阅读Medline形式的文件；“GenPept” 格式适用于阅读蛋白质文件；“GenBank”格式用来阅读核酸文件。
阅读方式
可单一阅读，亦可成批阅读
对于PubMed文章：
引文（citation）格式：包含题目，文摘，MeSH主题词等
文摘格式：包含题目，文摘
ASN.1格式：文章以ASN.1格式出现
MEDLINE格式：文章以MEDLINE格式出现
文件格式
对于蛋白和核酸文件：
GenBank/GenPept格式： 标准的GenBank或GenPept格式
Report格式：GenBank格式
ASN.1格式
FASTA格式
图形格式（Graphic View）
对于结构文件：
结构总结格式：结构的基本信息，可以看三维结构
ASN.1格式：
对于基因组文件：
图形格式
ASN.1格式
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